Строительство Rail Baltic обойдется в 24 миллиарда евро, что является наибольшим увеличением стоимости среди крупных инфраструктурных проектов Европы. Министр инфраструктуры и представители Rail Baltic Estonia уверяют, что финансирование обеспечено, и эстонская часть маршрута будет завершена в установленный срок. Европейская счетная палата отмечает, что в 2020 году общая стоимость проекта прогнозировалась на уровне 5,8 миллиарда евро.
Согласно Кейт Пентус-Розиманнус, члену Европейской счетной палаты, на первом этапе строительства, который должен быть завершен к 2030 году, затраты превысят 15 миллиардов евро. В этом контексте глава Rail Baltic Estonia Анвар Салометс подтвердил, что Эстония выполнит свои обязательства.
Строительные работы требуют ежегодных расходов около полумиллиарда евро, а финансирование доступно как сейчас, так и в рамках нового бюджета ЕС с 2028 года. Министр Кульдар Лейс также отметил, что 80% финансирования поступает из ЕС, а Эстония обеспечит 20%. В то же время в Латвии сроки завершения могут быть延长ены на пять лет, несмотря на надежды правительства завершить проект к 2030 году.